Kawasan Muara Sungai Pekalongan , mengalami pendangkalan akibat banyaknya endapan lumpur atau sedemintasi , sehingga menyebabkan kapal nelayan cukup kesulitan untuk keluar - masuk ke kawasan Pelabuhan .

Kepala Pelabuhan Perikanan Nusantara Pekalongan ,  Kartono , kepada Radio Kota Batik mengatakan , adanya sedimentasi ini sangat menganggu , sehingga kapal dengan ukuran 100 gros ton , sulit berlabuh ke PPNP .

Kartono menjelaskan , kapal besar yang akan keluar - masuk ke Pelabuhan Pekalongan , harus  ditarik dengan mengunakan kapal tarik .

Kartono mengungkapkan , pihaknya pada tahun 2024, telah diberikan bantuan dari Dirjen KKP , berupa alat ekskavator untuk mengeruk sedimentasi tersebut . Selain itu pada akhir tahun ini , juga diberikan bantuan kapal pontonnya ., (Inez - Dirhamsyah)